Lincoln Burrows est arête et va être mise à mort pour avoir assassiné le frère du vice président, il ne cède de plaider son innocent. Son frère, Michael Scofield est le seul à le croit. Il va se faire tatoué le buste et par la suite braqué une banque, il se fera arrêter et juger. A son procès, il plaidera rapidement coupable et demandera au juge d'être enfermé le plus près de chez lui, c'est-à-dire à Fox River, avec son frère pour une peine de 5 ans.
Arrivé en prison, il a à faire au Capitaine Bellick et à sa dureté. Pendant la promenade, Michael demandera à son compagnon de cellule, Fernando Sucre, de le conduire à Lincoln Burrows. Plus tard, Michael expliquera à son frère la raison pour laquelle il se retrouve en prison :
« Je vais te faire sortir d'ici !
-c'est impossible
-pas quand on a conçu les plans des bâtiments !
-tu connais les plans par c½ur ?
-mieux que ça, je les aient toujours sur moi » en effet derrière le tatouage de Michael se cache le plan de la prison, car son entreprise l'a retapé. Il a donc put avoir les informations qu'il voulait, pour planifier son évasion, mais il a besoin de l'aide de certain détenu louche...
A l'extérieur l'avocate de Michael, Véronica Donovan, qui se trouve être l'ex petite amie de Lincoln, va essayer de relacer le procès de ce dernier, elle enquêtera donc sur cette affaire. Mais des gens ne tiennent pas à ce que le mystère de ce crime soit révélé...
Une série dramatique, qui commence par un sentiment de solidarité entre frères et qui se termine par ...
